在主机版本中出现的UEFA欧洲杯冠军联赛模式在本作中也会出现，你也可以和其他3DS玩家交换大联盟比赛数据，传奇再现模式，如果使用StreetPass系统，你可以使用无线或者任天堂你刚Wi-Fi连接来玩一对一比赛，从而利用电脑来操控其他玩家的球队数据对战。
KONAMI同时宣布《PES 2012 3D》很快就会发售，自由训练模式和编辑模式也被引入，这是为3DS特别定制的全新的操作方式，目前公司确认，射门和铲球可以通过摇杆或者按钮来完成，如众人所期待的。
你也可以使用新的触屏控制系统，传球，《PES 2012 3D》将会包含完整的在线功能，联赛和杯赛模式，允许玩家联网互相对战，大联赛模式。
KONAMI宣布任天堂3DS版的《PES 2012》将会有在线模式，一个全新的智能摄像头系统可以进行迅速拉近以近距离观察动作，这“充分利用了任天堂这一平台的3D表现能力”，同样会出现的还有南美解放者杯赛模式。
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